Les Cinq piliers de l’Islam et leur sens initiatique, Albin Michel (Espaces Libres – Spiritualités Vivantes), mars 2023, Paris, 212 p.
Grandir en humanité, Libres propos sur l’école et l’éducation, livre d’entretien avec Philippe Meirieu, Paris, Autrement, 31 août 2022, 256 p.
Démocratie en danger, Les Liens qui libèrent, Paris, mai 2022, 80 p.
Génie de la France, Éditions Albin Michel, Paris, 25 août 2021, 208 p.
Révolution spirituelle !, Editions Almora, février 2021.
« La reconstruction de la pensée religieuse en Islam », traduction, présentation et notes de l’ouvrage philosophique majeur de Mohammed Iqbal, Paris, Gallimard, La Bibliothèque des Idées, 23 janvier 2020
Libérons-nous ! : Des chaînes du travail et de la consommation, Les Liens qui libèrent, Paris, mai 2018, 160 p.
« Libertà personale e critica storica: principi dell’Islam des Lumières », dans Islam des Lumières. L’illuminismo spirituale del terzo millennio, dir. Alessandra Luciano, Turin, Rosenberg & Sellier, 2017.
« A New Deal Between Mankind and its Gods », dans Islam After Liberalism, éd. Faisal Devji et Zaheer Kazmi, Londres, C. Hurst & Co Publishers Ltd, octobre 2017, 288 p.
Quelles valeurs partager et transmettre aujourd’hui ?, Albin Michel, Paris, octobre 2016, 272 p.
Les Tisserands, Les liens qui libèrent, Paris, mai 2016, 192 p.
Lettre ouverte au monde musulman, Les liens qui libèrent, Paris, avril 2015, 64 p.
Plaidoyer pour la fraternité, Albin Michel, Paris, février 2015, 112 p.
Histoire de l’humanisme en Occident, Armand Colin, coll. « Le temps des idées », Paris, août 2014, 288 p.
Comment sortir de la religion, La Découverte, coll. « Les Empêcheurs de penser en rond », Paris, avril 2012, 237 p.
Pour une pédagogie de la laïcité à l’école, La Documentation française, Paris, 2012, 142 p.
L’islam face à la mort de Dieu : Actualité de Mohammed Iqbal, Éditions François Bourin, coll. « L’Actualité », Paris, 2010, 320 p. (rééd. augmentée L’Islam spirituel de Mohammed Iqbal, Paris, éd. Albin Michel, 2017, 352 p.)
L’islam sans soumission : Pour un existentialisme musulman, Albin Michel, coll. « L’islam des lumières », Paris, octobre 2008, 288 p. (rééd. Paris, éd. Albin Michel, coll. « Espaces Libres », 2012, 279 p.)
Self islam : Histoire d’un islam personnel, Éditions du Seuil, coll. « Non conforme », Paris, 2006, 250 p.
Un Islam pour notre temps, Éditions du Seuil, coll. « La couleur des idées », Paris, 2004, 120 p. (rééd. avec postface inédite, Paris, éd. Points, 2017)